1997-ci ildə seçilmiş yeni tərkib ilk növbədə respublikanın dövlət idman strukturları ilə əlaqələri qurdu, milli idman federasiyalarının vəziyyəti, fəaliyyəti öyrənildi. Federasiyaların fəaliyyəti canlandırıldı. MOK İcraiyyə Komitəsinin 1997-ci ildə keçirilmiş növbəti iclasında Sidney Oyunlarına hazırlıq konsepsiyası təsdiq olundu, Qış Olimpiya Oyunlarında iştirakla bağlı vəziyyət müzakirə edildi, komitənin komissiyaları yaradıldı, Milli Olimpiya Akademiyasının yaradılması haqqında qərar qəbul olundu. Beynəlxalq və qitə olimpiya komitələri, habelə Milli Olimpiya Komitələri Assosiasiyası ilə əlaqələrin qurulması və əməkdaşlığın gücləndirilməsi istiqamətində əməli addımlar atıldı.
Milli Olimpiya Komitəsi idmançıların sosial vəziyyətini öyrəndi. Perspektivli idmançılar və onların məşqçiləri üçün Milli Olimpiya Komitəsinin təqaüdləri haqqında əsasnamə təsdiq olundu. Bu əsasnəməyə uyğun olaraq 1998-ci ilin yanvarından başlayaraq perspektivli idmançılar və onların məşqçiləri MOK-un aylıq təqaüdlərini almağa başladılar. Azərbaycan idmanının şərəfini ləyaqətlə qorumuş veteranlar, respublikanın tanınmış idmançıları da diqqətdən kənarda qoyulmadı. Milli Olimpiya Komitəsi veteran idmançılar üçün də xüsusi təqaüdlər təsis etdi. 1998-ci ilin ilk aylarından idmançıların yarışlarda iştirakını təmin etmək, təlim-məşq toplanışlarını keçirmək istiqamətində də konkret işlər həyata keçirilməyə başlandı.
Azərbaycanda idmanın kütləviləşdirilməsi, uşaqların və yeniyetmələrin idmana cəlb olunması məqsədilə Milli Olimpiya Komitəsi Gənclər və İdman Nazirliyi, Təhsil Nazirliyi, Həmkarlar İttifaqları Konfederasiyası ilə birlikdə Yeniyetmələrin Respublika Oyunlarının təşkil olunmasına qərar verdi. 1998-ci ildə Yeniyetmələrin birinci Respublika Oyunları keçirildi. Artıq bu Oyunlar periodik olaraq, yəni iki ildən bir təşkil olunur. 2002-ci ildə Milli Olimpiya Komitəsinin onillik yubileyi ərəfəsində Yeniyetmələrin üçüncü Respublika Oyunlarının final mərhələsinin yarışları başa çatdırıldı.
Azərbaycan Milli Olimpiya Komitəsinin yeniyetmə idmançılara göstərdiyi diqqət və qayğı yalnız Respublika Oyunları ilə məhdudlaşmayıb. Son üç ildə MOK Olimpiya hərəkatı ilə bağlı müxtəlif beynəlxalq miqyaslı tədbirlərdə yeniyetmələrin iştirakını təmin etmişdir. Azərbaycanın yeniyetmə idmançıları 1998-ci ildə Moskvada keçirilmiş Yeniyetmələrin Ümumdünya Oyunlarında, 1999-cu ildə Danimarkanın Esbyorq şəhərində, 2001-ci ildə İspaniyanın Mursiya şəhərində Avropa Yeniyetmələrinin Olimpiya Festivallarında iştirak etmişlər. Bu tədbirlər çərçivəsində keçirilən yarışlarda idmançılarımız müxtəlif idman növlərində uğurlu nəticələr göstərmiş, medallar qazanmışlar. 2002-ci ildə yeniyetmə idmançılarımız, Müstəqil Dövlətlər Birliyi, Baltikyanı ölkələrin Moskvada keçiriləcək Oyunlarında iştirak etmişlər.
1997-2000-ci illərdə Komitənin rəhbərliyi Beynəlxalq Olimpiya Komitəsinin, Milli Olimpiya Komitələri Assosiasiyasının, Avropa Olimpiya Komitəsinin baş məclislərində, digər tədbir və görüşlərində, seminarlarda fəal iştirak etmişdir.
Milli Olimpiya Komitəsinin prezidenti İlham Əliyevin ötən dövrdə Beynəlxalq Olimpiya Komitəsinin prezidenti Xuan Antonio Samarançla, Hazırda Beynəlxalq Olimpiya Komitəsinin prezidenti olan Cak Roqla görüşlərində respublikada Olimpiya Hərəkatının, idmanın vəziyyəti və inkişaf perspektivləri müzakirə olunmuş, beynəlxalq əlaqələrin genişləndirilməsi, əməkdaşlığın gücləndirilməsi məsələlərinə diqqət yetirilmişdir.
Avropa Olimpiya Komitəsinin XXVII Baş Assambleyasında Azərbaycan Milli Olimpiya Komitəsinin vitse-prezidenti Çingiz Hüseynzadə AOK-un "Olimpiya Oyunlarına hazırlıq", baş katib Ağacan Abiyev isə "Texniki əməkdaşlıq" komissiyasına üzv seçilmişlər. Onlar müvafiq komissiyaların keçirdiyi toplantılarda iştirak edirlər.
Azərbaycan Milli Olimpiya Komitəsində Ədalətli Oyunlar hərəkatı istiqamətində də fəal iş gedir. MOK-un vitse prezidenti, "Ədalətli Oyunlar" komissiyasının sədri Xəzər İsayev Avropa Ədalətli Oyunlar təşkilatının keçirdiyi tədbirlərdə müntəzəm olaraq iştirak edir.